GENETIC DIFFERENTIATION OF CULTIVATED CITRUS FRUITS (Citrus spp.) IN COLOMBIA USING SSR MOLECULAR MARKERS

Authors

  • Mauricio Fernando Martínez 1Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria-AGROSAVIA. Centro de Investigación Palmira. Diagonal a la intersección de la Carrera 36ª con calle 23, Palmira, Valle del Cauca, Colombia. C.P. 250047. https://orcid.org/0000-0002-8145-1764
  • Diana Milena Rodríguez-Mora 1Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria-AGROSAVIA. Centro de Investigación Palmira. Diagonal a la intersección de la Carrera 36ª con calle 23, Palmira, Valle del Cauca, Colombia. C.P. 250047. https://orcid.org/0000-0001-6545-3746
  • Nubia Murcia-Riaño 1Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria-AGROSAVIA. Centro de Investigación Palmira. Diagonal a la intersección de la Carrera 36ª con calle 23, Palmira, Valle del Cauca, Colombia. C.P. 250047. https://orcid.org/0000-0002-5679-3885

DOI:

https://doi.org/10.47163/agrociencia.v58i2.2950

Keywords:

Germplasm, genetic identity, characterization, planting material, fluorolabeled markers.

Abstract

Citrus is the second most important fruit crop in Colombia after bananas, with production taking place in 26 of the country’s 32 departments. Oranges, sour limes, and mandarins are the most economically important crops in terms of area planted and production. Microsatellites were used to assess the genetic differentiation of oranges, mandarins, tangelos, grapefruits, and acid limes from the Colombian Agricultural Research Corporation AGROSAVIA germplasm bank and collection of micro-grafted plants at Palmira Research Center in Colombia. A total of 121 samples from eight citrus groups were analyzed with 30 fluoromarked simple sequence repeats (SSR) microsatellites. The mean expected heterozygosity and mean observed heterozygosity were 0.58 and 0.57, respectively, and the coefficient of genetic differentiation was 0.558, confirming very high genetic differentiation among the citrus groups evaluated. Microsatellites mCrCIR01B02, AMB5, Ci01C09, mCrCIR08B08, and Ci01C07 were the most informative, presenting a high number of alleles and polymorphic loci percentages of more than 45 %; in addition, they allowed the identification of unique alleles, which can be used to establish the genetic fingerprint of citrus. Genetic differentiation was achieved for seven out of the eight groups evaluated. The SSRs used failed to differentiate the orange groups, possibly due to genetic origin; for this group, other molecular markers are recommended.

Author Biographies

Mauricio Fernando Martínez, 1Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria-AGROSAVIA. Centro de Investigación Palmira. Diagonal a la intersección de la Carrera 36ª con calle 23, Palmira, Valle del Cauca, Colombia. C.P. 250047.

Ingeniero agrónomo y M. Sc. en Ciencias Biológicas, y Candidato a Doctorarado en línea de investigación en Biotecnología Vegetal  y Fitomejoramiento de la Universidad Nacional de Colombia, Sede Palmira. En la actualidad, se desempeña como investigador máster asociado en la Corporación Colombiana de investigación Agropecuaria (AGROSAVIA), Centro de Investigación Palmira, donde
ha trabajado en las áreas de producción e investigación en especies frutícolas como
cítricos, aguacate y pitaya amarilla. Su trabajo está orientado a la generación de bases
tecnológicas para el aseguramiento de la calidad genética, fisiológica y fitosanitaria
del material de propagación en estos frutales, donde se articulan las áreas de
biotecnología en caracterización de recursos fitogéneticos y la estandarización de
técnicas de diagnóstico para algunas enfermedades con la producción del material
vegetal en condiciones de vivero, casas de malla e invernaderos. Ha participado en
proyectos de investigación en el área de mejoramiento genético de cítricos y aguacate,
tanto en copas como patrones, para aumentar la oferta varietal en Colombia.

Diana Milena Rodríguez-Mora, 1Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria-AGROSAVIA. Centro de Investigación Palmira. Diagonal a la intersección de la Carrera 36ª con calle 23, Palmira, Valle del Cauca, Colombia. C.P. 250047.

Ingeniera agrónoma con Maestría en Ciencias Agrarias, línea de investigación en
Protección de Cultivos con énfasis en Fitopatología. Ha trabajado en proyectos
de investigación en los sistemas productivos de cítricos y aguacate. Cuenta con
experiencia en el desarrollo de metodologías de diagnóstico de virus, viroides,
hongos y oomicetos con métodos tradicionales y moleculares, e implementación
de marcadores moleculares para determinar diversidad genética de plantas y
fitopatógenos. Actualmente, es investigadora máster adscrita a la Red de Frutales,
Centro de Investigación Palmira, de la Corporación Colombiana de investigación
Agropecuaria (agrosavia)

Nubia Murcia-Riaño, 1Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria-AGROSAVIA. Centro de Investigación Palmira. Diagonal a la intersección de la Carrera 36ª con calle 23, Palmira, Valle del Cauca, Colombia. C.P. 250047.

Ingeniero agrónomo de la Universidad Nacional de Colombia, sede Palmira. Diplomado
de estudios avanzados en producción vegetal y doctorado en Producción vegetal y
ecosistemas agroforestales por la Universidad Politécnica de Valencia, España. Se
ha desempeñado en investigación en fitopatología y en la coordinación de proyectos
de investigación en manejo integrado de enfermedades en los sistemas productivos de
cítricos y aguacate. Tiene experiencia en técnicas de diagnóstico biológico y
22 Bases tecnológicas para la producción de material de siembra de alta calidad
de las especies cítricas para Colombia
molecular de patógenos de plantas con énfasis en virus, viroides y hongos. En la
actualidad, se desempeña como investigadora PhD adscrita a la red de frutales en
la Corporación Colombiana de investigación Agropecuaria (agrosavia), Centro
de Investigación Palmira.

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Published

05-03-2024

Issue

2024: Early Access (58-2)

Section

Natural Renewable Resources

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